山西中医药大学于1982年经国务院批准筹建，1986年接收原山西医学院中医大学班学生开始办学，1989年经原国家教委批准正式成立，2000年获得硕士学位授予权，2003年开始联合培养博士研究生，2017年经教育部批准由山西中医学院更名为山西中医药大学，同年被确定为山西省博士学位授予单位立项建设高校。学校是山西省人民政府和国家中医药管理局共建高校、教育部首批卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校。