厦门医学院现有临床医学系、口腔医学系、护理系、药学系、医学技术系、基础医学部、公共教学部、思政教研部、继续教育部等9个教学机构，设有图书馆、科学实验中心和现代教育信息中心等3个教学辅助机构，拥有附属第二医院（三甲综合性医院）、附属口腔医院（三级专科医院）等2所直属附属医院。已设临床医学、口腔医学、护理学、药学、中药学、生物制药等6个本科专业和20个专科专业，2018年拟增设精神医学、康复治疗学、海洋药学、医学检验技术等4个本科专业，在校生5000余人。
师资队伍水平全面提升。现有教职医护员工2254人（含直属附属医院），专任教师293人，其中，教授30人，副教授64人，占专任教师总数的32.1%；拥有博士学位的86人，硕士学位的155人，硕士学位以上占专任教师总数的82.3%；“双师型”教师148人，占50.5%；兼职教师83人。学校共有国务院政府特殊津贴、新世纪百千万人才工程国家级人选、教育部新世纪优秀人才、教育部省部共建重点实验室主任、国家中医药管理局学科带头人、全国“三八红旗手”、全国师德标兵、省“双百计划”人才、福建省杰出科技人才、福建省百千万工程领军人才、福建省五一劳动奖章1人，省百千万人才1人，省级教学名师3人，省级专业带头人2人，省高校“新世纪优秀人才支持计划人才”2人，省高校杰出青年科研人才8人，厦门市台湾特聘专家1人、台湾特聘专才4人。
专业建设扎实推进。学校荣获国家级、省市级多项重点建设专业或特色专业、示范点及课程等，其中国家级包括中央财政支持建设专业2个，中央财政支持实训基地3个，全国健康服务类示范点1个，全国养老服务类示范点1个，国家行指委教学成果奖2项。省级包括服务产业特色专业1个，精品专业1个，示范专业7个，实验教学示范中心3个，虚拟仿真实验教学中心1个，精品课程9门，精品在线开放课程2门，精品资源共享课3门，教学成果奖2项，财政支持实训基地2个，生产性实训基地2个。市级包括重点专业2个。
科研能力加速发展。学校现有厅级科研平台4个，市级科研平台2个，校级科研平台5个。近五年来，学校承担科技类立项93项，其中国家自然基金3项，省部级9项，市厅级81项；横向课题23项；社科类立项市厅级以上62项，其中省部级5项。获省科技进步三等奖2项，市科技进步三等奖4项；授权专利60项；授权著作权41项，转让科技成果4项；发表科技类论文316篇，其中SCI收录70篇；社科类论文160篇；获省高等学校应用技术工程中心2个，省开发研究室1个，省本科高校重点实验室1个，市级重点实验室2个。
医教协同不断深化。学校除直属附属医院外，还拥有厦门市仙岳医院（三级甲等）、泉州市儿童医院（三级专科医院）2所非直属附属医院，拥有11所教学医院和170多个校外实训基地。
人才培养质量稳步提高。毕业生当年就业率连续六年保持在99%以上。2017年，在校生参加全国、省市各类技能比赛获奖励24项；毕业生参加临床、口腔、护理3类国家执业资格考试的一次性通过率均列全国领先。
对外合作交流卓有成效。学校与台湾阳明大学、台北护理健康大学、台北医学大学、台湾慈济科技大学、台湾辅英科技大学、台湾嘉南药理大学、台湾中台科技大学、韩国金泉大学等院校建立了友好合作关系，开展合作办学、互派学者、学生交流、合作研究等方面的交流。
，新征程，厦门医学院将围绕“一”个总目标，即建设成一所立足厦门、服务地方、特色鲜明、区域一流的应用型本科高校；全力迎接2020年首届临床医学本科生的执业医师考试和2021年本科教学合格评估“两”个大考；全力做好党建、业务（教学、科研、医疗）和安全稳定“三”项重点工作；培养对国家尽忠、对父母尽孝、对单位尽责、对病人尽心的“四尽”人才；实现学校党建强起来、车头带起来、人心聚起来、士气鼓起来、水平提起来“五个起来”的内涵发展。
