学校现有1个省部共建国家重点实验室培育基地、4个部级重点实验室、8个省级重点实验室（工程研究中心）。“十五”期间，学校承担省级以上研究课题530项，获得国家自然科学基金课题119项，是“九五”期间的4.4倍。进入“十一五”以来，学校的科研水平快速攀升，获得国家自然科学基金项目不断实现新突破，发表的SCI论文数量及论文影响因子迅猛增长。2008年，我校获得69项国家自然科学基金项目，全校发表“SCI”论文260多篇，均创历史新高。
学校现已建成4门国家级精品课程、8门省级精品课程，有1个国家级特色专业、1个国家级特色专业建设点、4个省级特色专业，有3个省级品牌专业，建成1个国家级实验教学示范中心、5个省级实验教学示范中心、10个中央和地方财政共建高校教学实验室。有多部教材入选国家“十一五”规划教材。2004年，国家教育部对南京医科大学本科和七年制教育教学工作进行全面质量评估，结果均为“优秀”。学校的招生和就业工作受到社会各界的好评，多次被评为“江苏省毕业生就业工作先进集体”，多次获得江苏省“文明单位”、“文明学校”荣誉称号。
学校设有两个校区（五台校区和江宁校区）。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是科研和研究生教育中心。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1470亩，是本科生教育教学中心。学校图书馆藏书总量达120余万册，有中外文期刊5700余种，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有《南京医科大学学报》、《临床皮肤病学》、《临床神经病学杂志》、《江苏医药》等10多种学术期刊。
近年来，南京医科大学开展了广泛的对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。学校与美国、澳大利亚、日本、法国等国家的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系，并聘请了一批知名专家、学者担任学校名誉教授、客座教授。同时，学校还定期派遣教师出国交流访问、留学进修。学校于2002年恢复招收留学生和港澳台学生，现有在校留学生和港澳台学生500多人。
七十五年来，南京医科大学秉承“博学至精，明德至善”的校训精神，始终坚持“医学与人文融通、教学与科研并重、基础与应用结合”的办学理念，为国家培养了一批又一批医学人才，他们分布在全国各地的医院、疾病控制中心、医学研究机构和卫生行政部门，许多毕业生已成为国内外著名医学专家和学者，为我国医学教育和卫生事业的发展做出了重要贡献！
面对新的发展机遇，全校师生员工正戮力同心，锐意进取，积极推进实施“十一五”发展规划，努力把学校建成一所高水平研究教学型医科大学！
录取分数线
| 年份 | 最高分 | 平均分 | 最低分 | 省控线 | 批次 |
|---|---|---|---|---|---|
| 2015 | 394 | 370 | -- | 344 344 | 一批 |
| 2014 | -- | 370 | -- | 345 345 | 一批 |
| 2012 | 397 | -- | 362 | 340 340 | 一批 |
| 2011 | 389 | -- | 361 | 345 345 | 一批 |
| 2010 | 400 | -- | 377 | 355 355 | 一批 |
| 2009 | 398 | -- | 379 | 348 348 | 一批 |
| 2008 | -- | -- | 379 | 330 330 | 一批 |
