新型农村合作医疗制度与城镇居民基本医疗制度在主管部门、缴费标准、待遇标准、医药目录等方面存在较大差异。新型农村合作医疗制度的参保对象是农民，主要补助农民的大额医疗费用或住院医疗费用。
在两种医保制度下，农业户口和城镇户口在医保方面享受的权利和履行的义务是不同的。
如果取消农业户口，意味着城镇居民与农村居民身份平等，那么该如何消除两者在医保方面的差异呢?对于已经参加“新农合”的农民来说，是否应该转入城镇居民医疗保险或者职工基本医疗保险?实际上，这将涉及“新农合”与城镇居民基本医疗保险制度和职工基本医疗保险制度如何对接统一的问题。
其实，在今年1月份，国务院印发《关于整合城乡居民基本医疗保险制度的意见》(以下简称《意见》)，要求整合城镇居民基本医疗保险和新型农村合作医疗两项制度，建立统一的城乡居民基本医疗保险制度。《意见》强调，各省(区、市)要于2016年6月底前对制度整合作出规划和部署，各统筹地区要于2016年12月底前出台具体实施方案。
由此可见，取消农业户口的配套政策中，建立统一的城乡医疗保险将成为焦点。据了解，国家正在积极推进这项政策，相信这一问题不久也将迎刃而解。
户籍改革的意义：
户籍制度改革，涉及亿万人的切身利益，因而总是牵动人心;也指向更多人的公平发展，因而终能安定人心。作为最基本的社会管理方式，在新一轮改革的路线图中，户籍制度改革无疑有着“一子落而满盘活”的意义。
怎样推进户籍制度改革，考验着平衡公平和效率的治理艺术。就此而言，建立居住证制度无疑是一个务实的选择。一方面，不再以城乡标准划分户口，消除制度性的歧视，体现了公平性的基本原则;另一方面，将基本公共服务与居住年限等条件相挂钩，一定程度上减轻城市财政负担，减少了改革的阻力，体现着渐进性的改革原则。可以说，从居住证入手，把住了户籍制度改革的脉搏。
曾有网友总结，北京户口上附着了80多项福利，有北京户口，无论买房、读书、看病，明显方便得多，甚至孩子考入名校的概率也比外省高……虽说数字不一定准确，但差异感是真实存在的。北京并不是特例。当前中国，游离于城市和农村之间的，是一个庞大的群体。不仅仅是2.69亿农民工，还有更多在城市居住的农村户籍人口。从“暂住”到“居住”，一字之差，为的正是让这些“风中的无脚鸟”能落脚城市，最终享受同样的公共服务。
太空舱舱内舱外压力不同，需要用两道门制造出一个缓冲带，才能更好过渡。城市农村也存在这样的落差，同样需要一个台阶一个台阶走。比如，户籍制度放开，大城市的优质教育资源、医疗资源即使翻番，恐怕也无法满足激增的需求。如何避免出现“洼地效应”，造成人口在短时间内涌入城市，让财政负担难以承受?怎样让新来人口享受到公共服务的同时，不降低户籍居民原有的公共服务水平?这是城市管理者不得不考虑的问题，也揭示出居住证制度的另一层意义。
公众对户籍制度改革的期待很高。与这些期待相比，现在一些地方的准入条件相对严苛，有的要求在当地拥有住房，有的则对学历设置了门槛。而持居住证的“新城市人”所能享受的公共服务也比较有限，住房、养老等都受到一定限制。有人质疑，“暂住证取消了，居住证又办不下来，真成‘黑户’了”。进得来、容得下，其实只是起点，关键还是留得住、过得好，这才是“居住”真正的含金量。
即便是一种过渡性的制度安排，对公众的期待也需要更加重视。仅仅破冰是不够的，还需要更多融冰，才能真正打破隔阂。正如学者所言，户籍改革改变户口只是“形”，实现公共服务均等化才是“实”。比如，城门敞开后，如何完善农民“三权”保障制度，让他们没有后顾之忧?进城后，随迁的子女入学、异地高考等教育问题怎样解决?居住证办下来了，就业、医疗、养老等一系列社会福利怎样并轨?
户籍制度改革，顶层设计在中央，但归根结底要靠各级地方政府推进。惟有用配套的改革，熨平公共服务的差距，才能让户籍制度改革真正上下耦合，让居住在城市里的人有着权利公平、机会公平，让每一个人都在这一改革中有实实在在的获得感。
