胞内蛋白不一定都需要加工，细胞质基质蛋白，线粒体、叶绿体部分蛋白、核蛋白等胞内蛋白，它们不需要经过内质网、高尔基体加工。胞内蛋白是由细胞质内游离的核糖体上合成的，不需要运输到细胞膜外，只在细胞内起作用――如呼吸酶DNA聚合酶、各种转氨酶、DNA解旋酶、RNA聚合酶等细胞生命活动必需的酶。
呼吸酶，DNA聚合酶，RNA聚合酶，在细胞内发挥作用的蛋白质都属于胞内蛋白。胰岛素、抗体、胃蛋白酶等分泌到细胞外属于分泌蛋白。
细胞中有游离的核糖体和附着在内质网上的核糖体。游离的核糖体就是制造胞内蛋白的，这个不经过内质网和高尔基体。而附着在内质网上的核糖体，核糖体仅将氨基酸转化为肽链，进一步的加工则交由内质网和高尔基体处理，最后由细胞膜分泌出细胞外。其实胞内蛋白种类很多，不一样的蛋白形成的方式可能不相同。
