北京大学的院系设置主要分为几个学部，每个部下面包含若干学院。其中理学部包括数学科学学院、物理学院、生命科学学院等；经济与管理学部包括经济学院、光华管理学院等；医学部包括基础医学院、药学院、护理学院等。
北京大学由中华人民共和国教育部直属，中央直管副部级建制，位列“211工程”、“985工程”、“世界一流大学和一流学科”，入选“基础学科拔尖学生培养试验计划”、“高等学校创新能力提升计划”、“高等学校学科创新引智计划”。
| 学部名称 | 下设学院 |
| 理学部 | 数学科学学院、物理学院、化学与分子工程学院、生命科学学院、城市与环境学院、地球与空间科学学院、心理与认知科学学院、建筑与景观设计学院 |
| 信息与工程科学部 | 信息科学技术学院、工学院、计算机科学技术研究所、软件与微电子学院、环境科学与工程学院、软件工程国家工程研究中心 |
| 人文学部 | 中国语言文学系、历史学系、考古文博学院、哲学系（宗教学系）、外国语学院、艺术学院、对外汉语教育学院、歌剧研究院 |
| 社会科学学部 | 国际关系学院、法学院、信息管理系、社会学系、政府管理学院、马克思主义学院、教育学院、新闻与传播学院、体育教研部、新媒体研究院、教育财政科学研究所 |
| 经济与管理学部 | 经济学院、光华管理学院、人口研究所、国家发展研究院 |
| 医学部 | 基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、医学人文学院、医学继续教育学院、第一医院、人民医院、第三医院、口腔医院、北京肿瘤医院、第六医院、深圳医院、首钢医院、国际医院、滨海医院 |
| 跨学科类学部 | 元培学院、燕京学堂、先进技术研究院、前沿交叉学科研究院、中国社会科学调查中心、分子医学研究所、科维理天文研究所、核科学与技术研究院、北京国际数学研究中心、海洋研究院、现代农学院、人文社会科学研究院 |
| 深圳研究生院 | 信息工程学院、化学生物学与生物技术学院、环境与能源学院、城市规划与设计学院、新材料学院、汇丰商学院、国际法学院、人文社会科学学院 |
