2020年南京农业大学文科类专业收费5200元/人?年，理科类专业收费5500元/人?年，工科类专业收费5800元/人?年，农林类专业收费2500元/人?年，艺术类专业收费6800元/人?年，其中部分优势学科专业学费上浮10%。
南京农业大学专业设置
| 南京农业大学农学院 | 农学、种子科学与工程、金善宝实验班（植物生产方向） |
| 南京农业大学植物保护学院 | 植物保护 |
| 南京农业大学资源与环境科学学院 | 农业资源与环境、环境科学、生态学、环境工程 |
| 南京农业大学园艺学院 | 园艺、园林、风景园林、中药学、设施农业科学与工程 |
| 南京农业大学动物科技学院 | 动物科学、水产养殖学 |
| 南京农业大学动物医学院 | 动物医学、动物药学 |
| 南京农业大学经济管理学院 | 农林经济管理、国际经济与贸易、市场营销、电子商务、 |
| 南京农业大学食品科技学院 | 食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全 |
| 南京农业大学信息科学技术学院 | 信息管理与信息系统、计算机科学与技术、网络工程 |
| 南京农业大学公共管理学院 | 土地资源管理、行政管理、人文地理与城乡规划、人力资源管理、劳动与社会保障 |
| 南京农业大学外国语学院 | 英语语言文学、日语语言文学 |
| 南京农业大学人文与社会发展学院 | 旅游管理、公共事业管理、法学、社会学、农村区域发展、表演 |
| 南京农业大学理学院 | 信息与计算科学、应用化学、统计学 |
| 南京农业大学生命科学学院 | 生物科学、生物技术 |
| 南京农业大学草业学院 | 草业科学 |
| 南京农业大学金融学院 | 金融学、会计学、投资学 |
| 南京农业大学工学院 | 农业机械化及其自动化、交通运输、车辆工程、机械设计制造及其自动化、工业设计、材料成型及控制工程、农业电气化、自动化、电子信息科学与技术、工业工程、工程管理、物流管理 |
学费数据来源：南京农业大学2020年招生章程（https://gaokao.chsi.com.cn/zsgs/zhangcheng/listVerifedZszc--infoId-2704368698,method-view,schId-241.dhtml）
