是双一流大学。双一流大学一般指世界一流大学和一流学科。南京中医药大学是世界一流学科建设高校，一流学科：中药学。
世界一流学科建设学科（1个）：中药学
国家重点学科（3个）：中药学、中医医史文献、中医儿科学
国家重点（培育）学科（2个）：中医学、中医内科学
江苏省高校优势学科建设工程（4个）：中医学、中药学、中西医结合、护理学
国家中医药管理局“十一五”重点学科（14个）：方剂学、温病学、中医儿科学、中医妇科学、中医肝胆病学、针灸学、药用植物学、中药药理学、中药炮制学、中医医史文献学、中医护理学、中医脾胃病学、中医肾病学、中医肛肠病学
