济宁医学院共计开设27个专业，分别为预防医学、临床医学、护理学、药学、医学检验、药物制剂、精神医学、病理学与病理生理学、神经病学、免疫学、心血管疾病研究诊疗中心等，具体完整专业名单见下表。
济宁医学院专业一览表
| 序号 | 专业 | 学制 |
| 1 | 法医学 | 五年 |
| 2 | 公共事业管理 | 四年 |
| 3 | 护理 | 三年 |
| 4 | 护理学 | 四年 |
| 5 | 计算机科学与技术 | 四年 |
| 6 | 精神医学 | 五年 |
| 7 | 康复治疗学 | 四年 |
| 8 | 口腔医学 | 五年 |
| 9 | 劳动与社会保障 | 四年 |
| 10 | 临床医学 | 五年 |
| 11 | 生物工程 | 四年 |
| 12 | 生物医学工程 | 四年 |
| 13 | 生物制药 | 四年 |
| 14 | 食品质量与安全 | 四年 |
| 15 | 市场营销 | 四年 |
| 16 | 卫生检验与检疫 | 四年 |
| 17 | 信息管理与信息系统 | 四年 |
| 18 | 药物制剂 | 四年 |
| 19 | 药学 | 四年 |
| 20 | 医学检验技术 | 四年 |
| 21 | 英语 | 四年 |
| 22 | 应用心理学 | 四年 |
| 23 | 预防医学 | 五年 |
| 24 | 针灸推拿学 | 五年 |
| 25 | 制药工程 | 四年 |
| 26 | 中西医临床医学 | 五年 |
| 27 | 中药学 | 四年 |
济宁医学院特色重点专业名单
1、国家级特色专业（2个）：预防医学、临床医学。
2、省级特色专业（7个）：预防医学、临床医学、护理学、药学、医学检验、药物制剂、精神医学。
3、山东省省级教学改革试点专业（1个）：临床医学。
4、山东省重点学科（5个）：病理学与病理生理学、神经病学、免疫学、心血管疾病研究诊疗中心、神经内科学。
