云南中医学院创建于 1960 年，是全国第二批成立的高等中医药本科院校，是云南省政府与国家中医药管理局共建高校。1986 年获硕士学位授予权， 2007 年获教育部本科教学水平评估“优秀”， 2009 年确定为省级立项建设博士授权单位， 2013 年、2015 年中医学、中药学专业分别通过教育部认证。 学校现已发展成为以本科教育为主， 研究生教育稳步发展，对外教育态势良好;中医药为主体，民族医药特色鲜明，独领傣医药人才培养和科学研究发展方向，医、理、工、 管多学科协调发展的应用型中医药院校。
学校有呈贡、白塔两个校区，占地面积 830.19 亩，总建筑面积 31.22 万 m2。 有纸质图书资源 95.49 万册，线装古籍图书1.8 万册，中外文数据库 46 个;全校电子信息资源总量为 600TB，信息资源服务全面覆盖全省医药类实习基地。有全日制学生 10551 人，其中，本科生 9633 人，研究生 858人，留学生 60 人;成人教育学生 9578 人。有 11 个二级学院、1个公共课教学部;17 个国家中医药管理局重点学科、14 个省级重点学科，4 个一级学科 24 个二级学科硕士点和 4 个硕士专业学位点; 有 21 个本科专业，其中， 国家级特色专业 2 个、综合改革试点专业 1 个，省级重点、特色专业各 5 个、综合改革试点专业 3 个;省级及以上教学质量工程项目 194 项。有教职工 2250 人(校本部 831 人，直属附属医院 1419 人)，专任教师 613 人，其中，高级职称 273 人，占 44.53%，博硕士学位 395 人，占 64.43%。硕士生导师 448 人，北京中医药大学等兼职博导 16 人。建校 57 年来，几代“云中”人潜心育人，培养了 6 万余名中医药专门人才，造就了大批卓越的专家学者，其中，享受国务院政府特殊津贴专家 4 人、有国家突出贡献中青年专家 1 人、全国中医药高等学校教学名师 1 人，云南省突出贡献优秀专业技术人才 7 人、教学名师 1 人、国医名师 4 人、名中医 36 人、荣誉名中医 34 人，云岭学者 1 人、名师 1 人、名医 3 人、产业技术领军人才 1 人，享受云南省政府特殊津贴专家 9 人，云南省中青年学术与技术带头人 8 人、技术创新人才 1 人、中医药高层次人才及培养对象 5 人、中青年学术与技术带头人后备人才 5 人、技术创新人才培养对象 1 人。还培养了旅法中医专家、法国荣誉军团骑士勋章获得者、73 级中医专业毕业生朱勉生，国家科技进步一等奖获得者、78 级中药专业毕业生朱兆云等一大批享誉国内外杰出校友，成为传播中医药文化的使者和支撑云岭大地中医药事业发展的中流砥柱，为打造中医药文化亮丽名片和健康云南事业做出了巨大贡献。
学校建有世界唯一的西学中医汉文化国际推广中心、中医西学博物馆、国家中医药文化宣传教育基地、云南省中医药民族医药博物馆、云南省科普教育基地、云南省中医药国际教育基地、国际科技合作基地、云南省民族医药保护与产业发展研究基地;是国家教育信息化试点单位，云南省优势中药材规范化种植工程研究中心主要成员单位。有云南省中医药产业发展研究院、云南省中医药政策研究中心、有省级重点实验室、工程技术研究中心、工程实验室、公共科技服务平台各 1 个，有国家中医药管理局中医药科研三级实验室 2 个，院士专家工作站 7 个，院士工作站站点 1 个，省级 2011 协同创新中心 2 个，省级中医临床研究基地1 个，省哲学社会科学研究基地 1 个，省技术转移示范机构 1 个，省级高校重点实验室和工程中心 8 个，省级创新团队 1 个，省高校科技创新团队 4 个;实践教学基地 129 个，其中，附属医院13 所， 药学类合作基地 54 个。学校聚焦民族医药、滇南医药、 南药三大科研集群，协同推进校政、校地、校企合作， 积极打造“保健品化妆品第三方检测、临床评价、健康产品研发、知识产权战略运营中心” 四大平台。与云南呦阳生物科技公司共“云南道地中药材种苗繁育基地”，与昭通、普洱、丽江等地方政府签订了健康产业战略合作协议等。
