随着香港公务员队伍规模变大，“长俸制”退休保障给政府财政造成很大压力。特别是1998年至2005年期间，亚洲金融风暴和SARS疫情接踵而至，香港政府连年出现赤字。公务员薪酬津贴等开支占政府经营开支逾6成，在未来财政告急的紧张气氛下，第二次公务员退休保障改革推行。
2000年，香港16万公务员加入了强积金计划，供款率和私企相同，统一为最低5%。此次改革令公务员退休保障彻底告别“长俸制”，公务员也加入了全香港的强积金计划，相当于公务员和私企退休保障“并轨”。根据制度，雇员和雇主都需要将月薪至少5%注入强积金账户，为了不过多占用现时现金流，政府也设下了每个月最多供款1250港元的上限，而月薪低于7100港元的人士，则毋需供款。一般情况下，供款人要到65岁时才可提取，但如果遇到死亡、丧失行为能力、永久离港或提早退休，则可在65岁前支取。
5%只是最低供款额，政府也按照公务员在政府的工作年资来决定雇主供款比例。3年以下政府会将月薪5%注入雇员的强积金账户，3年至15年为15%，此后每5年再增加一定比例，直至30年以上无间断工作的公务员，最多获得25%的雇主供款。虽然私企也会给予高管或资深员工更高的供款率，但公务员系统的雇主供款率仍是遥遥领先。
强积金计划也是香港政府在1999年推行公务员体制改革时提出的其中一项建议。“我们曾仔细研究现行的退休金制度，在促进私营机构和公务员系统交流人才方面，是助力、还是阻力?”时任公务员事务局局长王永平说，之前的退休金制度更利于年轻时便加入政府，之后拾级而上的资深公务员，但在吸引高级公务员“空降”政府方面则缺乏卖点。改革的目标，是使公务员架构更开放、灵活和公正，以便吸纳人才。
改变非昼夜发生，此前香港已经历漫长的讨论。香港政府自1966年起便开始研究不同的退休保障方案，先后提出过四种以上的方案，但都未获得议会通过。社会的焦点是，如果政府“一视同仁”(对老者集中发放统一数额的退休金)，财政资源则不能得到最优分配，面临“富裕者不需要、贫困者不足够”的窘境。
直至1995年，政府提出《强制性私营机构退休保障计划》，即现时的强积金制度，方案才获得通过。立法和执行仍有5年的时距，2000年12月强积金正式运行。
每个人的供款组合可以自由选择，政府和其他私企雇主会提供一个集成信托计划，计划内涵括保本、低风险、中风险和高风险成分的基金，雇员在入职时选择，允许中途转换。
近年通胀猛于虎，万物腾贵，退休金也水涨船高。政府遵循专门的《退休金(增加)条例》，每年按照甲类消费物价指数调整退休金和遗属抚恤金，如2013年增加的幅度为3.5%。
在香港，私立医院牙科、产科等收费非常昂贵，故很多私企将之划归为额外福利，每年限制使用或在医保中剔除。公务员福利则涵盖牙科和产科，还有4间只开放给公务员的诊所。
除每个月给予金钱保障外，公务员事务局成立专门的退休公务员服务组，不定时地组织旅行联谊，但鉴于朴素原则，仅为本地的一日游，去年便安排的是蒲台岛和鲤鱼门。
回顾香港公务员退休保障的演变史，每次改革都让政府“减负”，把沉重的养老负担分散至商业养老保险(比如强积金)，也令政府和私企的养老保障互通互融，让香港打工仔在职业选择上更灵活，不至于受到养老金的束缚。
