高校专项计划和国家专项计划主要有以下区别：
报名方式：
国家专项不需要单独报名。
高校专项计划需要单独报名，参与学校考试。
对户口要求：
国家专项针对的对象包括农村户籍的考生也包括城市户籍的考生。
高校专项都只针对农村户籍的考生。
招生单位：
国家专项计划由中央部门高校和地方“211 工程”高校为主的本科一批招生学校承担。
高校专项计划由教育部直属高校和其他自主招生试点高校承担，招生计划不少于学校本科招生规模的 2%。
录取层次：
国家专项一般是一本、二本录取层次。
高校专项计划录取层次必须是一本线以上考生。
录取方式：
国家专项计划是不需要单独报名和递交其它材料，高考成绩下发后，单独设置志愿填报及录取批次，省招办单独划线，单独录取。
高校专项计划需要单独报名，并提交相关的材料，符合条件的考生可以参加后续考核，于指定日期到学校参加考试，合格后才被该校录取。
实施主体：
高校专项计划是由教育部直属高校和其他试点高校承担，报考高校专项计划的考生必须经招生院校考核合格才可以报考。
国家专项计划则是由中央部门和地方本科一批招生的高校承担，招生计划由教育部安排确定。
招生范围：
高校专项计划定向招收边远、贫困、民族等地区县（含县级市）以下高中勤奋好学、成绩优良的农村学生。
国家专项计划定向招收贫困地区学生。高校专项计划的招生范围更广，但对于考生的成绩要求更高，一般来说考生成绩都得在一本线以上；而国家专项计划的招生范围仅限贫困地区考生，考生成绩不局限于一本线，二本线的考生也是有机会考上国家专项计划的院校的。
