石河子大学招生专业共计有56个，分别为农学、农林经济管理、农业机械化及其自动化、临床医学、动物医学、作物育种学、农业经济学、土壤肥料学、会计信息系统(会计电算化)等，具体更多完整招生专业请看下表。
石河子大学招生专业一览表
| 序号 | 专业名称 | 设置 |
| 1 | 种子科学与工程 | 四年 |
| 2 | 中药学 | 四年 |
| 3 | 制药工程 | 四年 |
| 4 | 植物保护 | 四年 |
| 5 | 政治学与行政学 | 四年 |
| 6 | 园艺 | 四年 |
| 7 | 园林 | 四年 |
| 8 | 预防医学 | 五年 |
| 9 | 应用物理学 | 四年 |
| 10 | 应用化学 | 四年 |
| 11 | 医学检验技术 | 四年 |
| 12 | 药学 | 四年 |
| 13 | 学前教育 | 四年 |
| 14 | 信息与计算科学 | 四年 |
| 15 | 信息管理与信息系统 | 四年 |
| 16 | 物理学 | 四年 |
| 17 | 土木工程 | 四年 |
| 18 | 土地资源管理 | 四年 |
| 19 | 体育教育 | 二年 |
| 20 | 水利水电工程 | 四年 |
| 21 | 数学与应用数学 | 四年 |
| 22 | 食品质量与安全 | 四年 |
| 23 | 食品科学与工程 | 四年 |
| 24 | 生物科学 | 四年 |
| 25 | 生物技术 | 四年 |
| 26 | 社会工作 | 四年 |
| 27 | 设施农业科学与工程 | 四年 |
| 28 | 软件工程 | 四年 |
| 29 | 人文地理与城乡规划 | 四年 |
| 30 | 农业资源与环境 | 四年 |
| 31 | 农业水利工程 | 四年 |
| 32 | 农业机械化及其自动化 | 四年 |
| 33 | 农学 | 四年 |
| 34 | 旅游管理 | 四年 |
| 35 | 临床医学 | 五年 |
| 36 | 林学 | 四年 |
| 37 | 历史学 | 四年 |
| 38 | 口腔医学 | 五年 |
| 39 | 教育技术学 | 四年 |
| 40 | 建筑学 | 五年 |
| 41 | 计算机科学与技术 | 四年 |
| 42 | 机械设计制造及其自动化 | 四年 |
| 43 | 环境工程 | 四年 |
| 44 | 化学工程与工艺 | 四年 |
| 45 | 化学 | 四年 |
| 46 | 护理 | 三年 |
| 47 | 汉语言文学 | 四年 |
| 48 | 公共事业管理 | 四年 |
| 49 | 工业工程 | 四年 |
| 50 | 给排水科学与工程 | 四年 |
| 51 | 法学 | 四年 |
| 52 | 动物医学 | 四年 |
| 53 | 动物科学 | 四年 |
| 54 | 电子信息工程 | 四年 |
| 55 | 电气工程及其自动化 | 四年 |
| 56 | 材料科学与工程 | 四年 |
石河子大学重点专业名单
1、国家级专业（5个）：农学、农林经济管理、农业机械化及其自动化、临床医学、动物医学
2、国家级精品课程（4门）：作物育种学、农业经济学、土壤肥料学、会计信息系统(会计电算化)
