南京中医药大学开设的专业有伤寒学、中医诊断学、临床中药学、中西医结合基础 、中医痹病学、中医肿瘤学、中医骨伤科学、中医耳鼻喉科学、中医养生学等，具体完整专业请看下表。
南京中医药大学专业一览表
| 学院 | 专业名称 | 招生科类 | 学制 |
| 基础医学院 | 中西医临床医学 | 文理兼招 | 5 |
| （中医学院） | 中医学（农村订单定向医学生免费培养计划） | 文理兼招 | 5 |
| 整合医学学院 | 中医学（本博连读） | 理科 | 9 |
| （中医拔尖创新人才培养模式改革9年制） | |||
| 第一临床医学院 | 中医学（本硕连读） | 文理兼招 | 8 |
| （中医拔尖创新人才培养模式改革5+3一体化） | |||
| 中医学 | 文理兼招 | 5 | |
| 中医学（妇产科学） | 文理兼招 | 5 | |
| 中医儿科学 | 文理兼招 | 5 | |
| 眼视光学 | 文理兼招 | 4 | |
| 第二临床医学院 | 针灸推拿学 | 文理兼招 | 5 |
| 中医养生学 | 文理兼招 | 5 | |
| 中医康复学 | 文理兼招 | 5 | |
| 康复治疗学 | 文理兼招 | 4 | |
| 食品卫生与营养学 | 理科 | 4 | |
| 医学与生命科学学院 | 临床医学 | 理科 | 5 |
| 生物技术 | 理科 | 4 | |
| 药学院 | 中药学(本博连读) | 理科 | 4+5 |
| （中药学拔尖创新人才培养模式改革4+5一体化） | |||
| 中药学类 | 理科 | 4 | |
| （中药学、中药制药、中药资源与开发） | |||
| 药学类（药学、药物制剂） | 理科 | 4 | |
| 生物工程类(中外合作办学) | 理科 | 3+1 | |
| (生物制药(分子生物学-药物研制)) | |||
| 食品科学与工程类(中外合作办学) | 理科 | 3+1 | |
| (食品质量与安全) | |||
| 卫生经济管理学院 | 国际经济与贸易 | 文理兼招 | 4 |
| 市场营销 | 文理兼招 | 4 | |
| 公共管理类 | 文理兼招 | 4 | |
| （公共事业管理（卫生事业管理）、劳动与社会保障） | |||
| 信息管理与信息系统 | 理科 | 4 | |
| 健康服务与管理 | 文理兼招 | 4 | |
| 药事管理 | 理科 | 4 | |
| 电子商务 | 文理兼招 | 4 | |
| 公共管理类(中外合作办学) | 文理兼招 | 3+1 | |
| 护理学院 | 护理学 | 文理兼招 | 4 |
| 护理学（助产学） | 文理兼招 | 4 | |
| 外国语学院 | 英语（只招英语考生） | 文科 | 4 |
| 信息技术学院 | 计算机类 | 理科 | 4 |
| （计算机科学与技术、软件工程） | |||
| 医学信息工程 | 理科 | 4 | |
| 心理学院 | 应用心理学 | 文理兼招 | 4 |
南京中医药大学特色重点专业名单
国家级特色专业（5个）：中医学、中药学、针灸推拿学、中药资源与开发、护理学。
世界一流学科建设学科（1个）：中药学。
国家重点学科（3个）：中药学、中医医史文献、中医儿科学。
国家重点（培育）学科（2个）：中医学、中医内科学。
国家中医药管理局“十一五”重点学科（14个）：方剂学、温病学、中医儿科学、中医妇科学、中医肝胆病学、针灸学、药用植物学、中药药理学、中药炮制学、中医医史文献学、中医护理学、中医脾胃病学、中医肾病学、中医肛肠病学。
国家中医药管理局“十二五”重点学科（19个）：伤寒学、中医诊断学、临床中药学、中西医结合基础 、中医痹病学、中医肿瘤学、中医骨伤科学、中医耳鼻喉科学、中医养生学、推拿学、中药药剂学、中药化学、中药资源化学、中医药信息学、中医文化学、中医药管理学、中医皮肤病学、中西医结合临床、中医心病学。
江苏省重点学科（8个）：中医临床基础、方剂学、中医诊断学、中医内科学、中医外科、中医妇科、针灸推拿学。
