在事业单位人员的工资结构中，绩效工资是其中的一个重要部分。《条例》明确指出，在对事业单位人员的考核中，要重点考核工作绩效。
据悉，人社部在2006年7月首次提出在事业单位建立岗位绩效工资制度，当时设计这一制度的初衷，是要通过绩效考核激励事业单位人员提高工作质量和工作效率，逐步改变事业单位日趋严重的人浮于事的作风。
由于事业单位队伍庞大，种类繁多，情况较为复杂，绩效工资改革在最初两三年的进展都并不顺利。为此，2009年国务院决定对事业单位绩效工资改革实施“三步走”策略：第一步，从2009年1月1日起先在义务教育学校实施，解决中小学教师的绩效工资;第二步，从2009年10月1日起，在专业公共卫生机构和基层医疗卫生事业单位实施;第三步，在完成前两步的基础上，再将绩效工资推行至其他的事业单位。
现在距离提出事业单位绩效改革已有多年，人社部对外的说法是，该项改革已经基本完成，但业内人士的看法是，从全国范围来看，绩效工资制度的整体实施效果还很差，即便是在较早实施绩效考核的中小学教师、医院工作人员当中，也有很多矛盾和问题需要尽快解决。
中国劳动学会薪酬专业委员会会长苏海南表示，事业单位绩效改革难以有效推进的主要原因，一方面是事业单位绩效工资改革涉及事业单位较多，工资变革情况较为繁杂，针对不同岗位人员，尤其是专业技术人员的绩效考核标准很难量化。另一方面是地方财政压力较大，难以负担改革成本。
上述人社部专家分析表示，目前国家仅仅规定了事业单位绩效工资改革的一些基本原则，地方在制定具体绩效标准的时候自由度很大，往往容易走样。比如对中小学教师的绩效考核，目前大都是以课时为主，而对于医院大夫、护士的绩效考核，则要考虑医疗质量、服务质量、病人满意度等因素，因此很难划定合理的考核标准。
据悉，在继续推进事业单位实施绩效工资改革的同时，针对不同类型的事业单位的主要领导、高层次人才和普通专业技术人员，人社部正在制定一系列与之相配套的绩效考核新政措施。尤其是对事业单位的主要领导，将逐步建立激励约束机制，由主管部门依据岗位职责、工作业绩和贡献以及风险等因素，确定分配办法和收入水平。
事业单位工资改革难点
国务院共有社科院中科院等直属事业单位14个，有国资委、科技部等相关部委29个，税务总局、工商局等直属机构18个，以及部委管理的国际局10个。在这些机构下面，基本上都有数目不等的相关事业单位。这些种类繁多，人员规模庞大的事业单位的工资改革成为此次改革的难点
事实上，中科院和社科院在2008年被选为进行工资改革的试点。两年已过，这两个“先行先试”的事业单位推进的工资改革依然困难重重。
2010年12月1日，社科院人士说，院里工资改革基本已经停止，没办法再推进了。该人士透露，停止的原因在于社科院向人保部争取的“一级以上研究员岗位比例达到60%以上”这一要求至今没有得到批复。他称，定岗定薪都不是关键，关键是最上面的人员级别定不下来，下面都不好做。
即便是在中科院，推进的工资改革也仅仅停留在定岗定薪的层面，而对于绩效究竟该如何考核，相关的津补贴参考标准如何一直没有明确的说法。
由于体制遗留原因，科技部掌管着包括国家发改委、工信部、财政部等众多部委下属的科研型事业单位的工资费用。这一权利，由前国家科委承袭而来。每年，科技部都要对几乎全部部委所属的科研事业单位的支出费用统一匡算，然后上报财政部拨款。
科技部人士称，最近几年来的局面是，国务院部委设置瘦身，但是相应事业单位却在逐年扩编。仅以科技部为例，1998年国务院机构改革之后，科技部下属事业单位只有两三家，单现在已经发展至近10家。目前，每年科技部匡算出来的国务院部委相关事业单位的工资等费用支出已经近500亿。而十年前，才不过几十亿的规模。
科技部人士说，事业单位工资改革应该推进，否则都吃财政，只会包袱越来越重。对于那些盈利能力强，能挣钱的事业单位应该剥离出去，推向市场。但他也表示，一步到位推向市场根本做不到。
事实上，多数部委事业单位都不看好此轮工资改革，某部委的一家事业单位负责人预测，“这一轮改革依旧会胎死腹中。
