学校办学条件优良，教学实验室和专业实验室设施齐备。拥有国家远洋渔业工程技术研究中心、国家海洋生物科学国际联合研究中心、国家水产科学实验教学示范中心、国家食品科学与工程实验教学示范中心、上海海洋国家大学科技园；水产种质资源发掘与利用、大洋渔业资源可持续开发等教育部重点实验室（省部共建），淡水水产种质资源与利用、水产品贮藏保鲜质量安全风险评估等农业部重点实验室，国家水生动物病源库、团头鲂遗传育种中心、鱼类营养与环境生态研究中心、中国渔业发展战略研究中心、国家淡水水产品加工技术研发分中心（上海）、冷库及制冷设备质量监督检验测试中心、大洋渔业资源环境观测实验站、远洋渔业培训中心等农业部中心平台。拥有3个上海工程技术研究中心、3个上海高校重点实验室、1个上海市高校工程研究中心、1个上海高校协同创新中心、1个上海高校知识服务平台、1个上海高校水产养殖E-研究院、1个上海社会调查研究中心和1个上海高校人文社会科学重点研究基地等。建有国际海洋研究中心、中美（SHOU－NOAA）海洋遥感及渔业信息研究中心、淡水鱼加工利用研究室等一批国际合作平台。建有我国唯一一家拥有CNAS和CMA资质认定的船舶压载水实验室，洋山港海洋生态系统野外科学观测站、海洋测绘应用工程技术中心、食品安全研究中心等一批校级科研平台。学校在全国各地有157个教学实践基地，包括在上海市浦东新区、浙江省象山县的两个科研教学基地。
学校建有上海海洋大学海洋科学研究院，下设海洋经济研究中心、海洋文化研究中心、海洋政策与法律研究所、数字海洋研究所、海洋渔业遥感GIS实验室、中美海洋遥感研究中心、海洋生态系统与环境实验室、海洋生态环境与修复研究所、远洋渔业工程技术研究中心、海洋工程研究所、海洋药物与健康食品研究所、海洋生物系统和神经科学研究所、船舶压载水检测实验室等13个研究机构。建有中国渔业发展战略研究中心、公共管理研究所、外国语言研究所、翻译与词典研究中心、渔文化研究所，以及校史馆、三史馆、水生生物科技馆、鲸馆、大学生校园文化展示馆，拥有国内外闻名的鱼类研究室（标本室）。拥有现代化校园网络，建有服务中国水产行业的中国水产网。学校图书馆现有纸质图书约137万余册，电子图书约92万余册，数据库40余个，馆藏资源突出学校的海洋、水产、食品特色。由学校承办的《水产学报》、主办的《上海海洋大学学报》为中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国科技论文统计源期刊等，其中《水产学报》获“中国百强报刊” “百种中国杰出学术期刊”等称号，学校还主办中国第一本水产类英文期刊《Aquaculture and Fisheries》。学校是上海市水产学会、上海市食品学会、上海市渔业经济研究会和上海市延安精神研究会挂靠单位。
作为上海高校首批易班试点单位，学校先后获得全国高校校园文化建设优秀成果特等奖、上海市教育改革实验奖一等奖，2010年起连续多年被评为全国高校“百佳网站”以及“最佳思政创新奖”“最佳文明网络社区奖”等单项奖，并多次荣获“上海市教育系统优秀网站”、教育部中国大学生在线优秀校园网络通讯站、上海市十佳易班学生工作站等称号。学校校园文化丰富多彩，聘请著名表演艺术家秦怡、指挥家曹丁、作曲家陈钢等一批艺术家为学校艺术兼职教授；拥有大学生艺术团等各类文体、科技学生社团90余个；定期举办大学生科技文化艺术节，连续多年被中宣部、教育部、团中央、全国学联评为“大学生暑期社会实践先进单位”。
学校与美国、日本、俄罗斯、澳大利亚、韩国等国家和台湾、香港地区的大学和国际组织有着密切交流与合作，与24个国家的83所高校或科研机构签署合作协议。与境外多所大学互派留学生，目前学校各类留学生人数共计170人，分别来自24个国家。学校长期参与中美海洋生物资源合作计划，与联合国粮农组织、亚洲水产学会、国际水生生物资源管理中心等建立了长期友好合作关系。
新时期的学校办学目标：到2020年，把学校建设成为一所国际知名的海洋、水产、食品等学科优势明显，理、工、农、经、文、管、法等多学科协调发展，培养具有国际视野的创新型复合人才，教学科研并重，国际化、开放型的高水平特色大学。
