上海中医药大学王牌特色专业有中药学、针灸推拿学，完整王牌特色专业见下表：
| 上海中医药大学比较好的王牌重点特色专业一览表 | ||||
| 序号 | 专业名称 | 重点类型 | 专业大类 | 专业类型 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 中药学 | 国家级特色专业 | 中药学类 | 本科 |
| 2 | 针灸推拿学 | 国家级特色专业 | 中医学类 | 本科 |
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上海中医药大学所有专业一览表
| 上海中医药大学开设专业一览表 | |||
| 序号 | 专业名称 | 专业大类 | 专业类型 |
|---|---|---|---|
| 1 | 中医学（屠呦呦班） | 中医学类 | 本科 |
| 2 | 中医学（“5+3”一体化） | 中医学类 | 本科 |
| 3 | 中医学（五年制） | 中医学类 | 本科 |
| 4 | 中西医临床医学 | 中西医结合类 | 本科 |
| 5 | 中药学 | 中药学类 | 本科 |
| 6 | 药学（中外合作办学） | 药学类 | 本科 |
| 7 | 中医学（“5+3”一体化）（ 针灸推拿英语方向） | 中医学类 | 本科 |
| 8 | 针灸推拿学 | 中医学类 | 本科 |
| 9 | 生物医学工程（中医信息与工程方向） | 生物医学工程类 | 本科 |
| 10 | 康复治疗学 | 医学技术类 | 本科 |
| 11 | 听力与言语康复学 | 医学技术类 | 本科 |
| 12 | 康复物理治疗 | 医学技术类 | 本科 |
| 13 | 康复作业治疗 | 医学技术类 | 本科 |
| 14 | 预防医学 | 公共卫生与预防医学类 | 本科 |
| 15 | 食品卫生与营养学 | 公共卫生与预防医学类 | 本科 |
| 16 | 公共事业管理（卫生管理方向） | 公共管理类 | 本科 |
| 17 | 护理学 | 护理学类 | 本科 |
| 18 | 智能医学工程 | 医学技术类 | 本科 |
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