学校始终把教学工作作为各项工作的重中之重，大力强化教学的中心地位，不断深化教学改革，教学管理日趋规范，教学质量稳步提高。学校注重加强学科专业建设，现有省、校级重点学科12个，重点实验室5个；有省级特色专业、精品课程6个。
学校坚持走科研兴校之路，不断完善科研管理体制，浓化校园学术氛围。近年来，我校承担省级以上科研攻关课题30项，获国家专利10项，发表论文2500余篇，出版专著100余部。作为学校科研园地的《菏泽学院学报》，先后荣获全国高专学报一等奖、教育部优秀科技期刊二等奖、全国优秀社科学报和全国地方高校优秀学报。
按照学校发展规划，全校师生团结一致，开拓进取，学校教学质量和科研水平明显提高，规模、质量、结构、效益协调发展，多项工作获得上级表彰奖励。学校先后获得“全省高校校园文明建设优秀单位”、“全省高校教学管理先进单位”、“全省高校党建工作先进单位”、“山东省高校宿舍管理先进单位”、“省级食品卫生等级A级单位”、 “省级花园式单位”、 “省级文明单位”和“省高校平安校园”等近百种荣誉称号。有3栋学生公寓被评为省标准化高校学生公寓，3个学生食堂被评为省级标准化食堂。学校德育工作在2007年12月全省高校德育检查评估中获优秀等次。
山东省委、省政府和菏泽市委、市政府十分重视菏泽学院的建设与发展，将加强菏泽学院建设列入“菏泽市国民经济和社会发展第十一个五年规划”的重点，在资金投入、人才引进等方面给予了多项支持政策。目前，菏泽学院二期工程规划方案已初步选定，按照这一规划，二期工程建成后，北校区总占地面积将达到1742.1亩，可容纳在校生25000人。
随着改革开放的不断深入，踏着中国高等教育迅速发展的步伐，全校师生将以十七大精神为指导，全面落实科学发展观，进一步解放思想，开拓创新，努力把学校建设成为一所适应经济社会发展需要、学科专业结构合理、校园环境和谐优美、人民群众满意信赖的优秀本科大学。
录取分数线
| 年份 | 最高分 | 平均分 | 最低分 | 省控线 | 批次 |
|---|---|---|---|---|---|
| 2016 | -- | 481 | -- | 451 451 | 二批 |
| 2015 | 528 | 509 | -- | 490 490 | 二批 |
| 2014 | -- | 510 | -- | 460 460 | 二批 |
| 2013 | 527 | 485 | -- | 471 471 | 二批 |
| 2012 | 586 | 525 | -- | 495 495 | 二批 |
| 2011 | 609 | 505 | -- | 503 503 | 二批 |
| 2010 | 602 | 548 | -- | 542 542 | 二批 |
| 2009 | 584 | 564 | -- | 557 557 | 二批 |
| 2008 | 590 | 564 | -- | 557 557 | 二批 |
| 2007 | 582 | 551 | -- | 549 549 | 二批 |
| 2006 | 598 | 556 | -- | 553 553 | 二批 |
