菏泽学院王牌专业有物理学、财务管理、化学工程与工艺、生物科学，完整王牌专业见下表：
| 菏泽学院比较好的王牌重点专业一览表 | ||||
| 序号 | 专业名称 | 重点类型 | 专业大类 | 专业类型 |
| 1 | 物理学 | 省级专业 | 物理学类 | 本科 |
| 2 | 财务管理 | 省级专业 | 管理学类 | 本科 |
| 3 | 化学工程与工艺 | 省级专业 | 工学类 | 本科 |
| 4 | 生物科学 | 省级专业 | 生物科学类 | 本科 |
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菏泽学院所有专业一览表
| 菏泽学院开设专业一览表 | |||
| 序号 | 专业名称 | 专业大类 | 专业类型 |
|---|---|---|---|
| 1 | 生物科学（师范） | 生物科学类 | 本科 |
| 2 | 机器人工程 | 自动化类 | 本科 |
| 3 | 数据科学与大数据技术 | 计算机类 | 本科 |
| 4 | 会计 | 财务会计类 | 专科 |
| 5 | 行政管理 | 公共管理类 | 专科 |
| 6 | 经济信息管理 | 经济贸易类 | 专科 |
| 7 | 英语教育 | 教育类 | 专科 |
| 8 | 法律事务 | 法律实务类 | 专科 |
| 9 | 种子生产与经营 | 农业类 | 专科 |
| 10 | 设施农业与装备 | 农业类 | 专科 |
| 11 | 园艺技术 | 农业类 | 专科 |
| 12 | 畜牧兽医 | 畜牧业类 | 专科 |
| 13 | 应用化工技术 | 化工技术类 | 专科 |
| 14 | 城乡规划 | 城乡规划与管理类 | 专科 |
| 15 | 电气自动化技术 | 自动化类 | 专科 |
| 16 | 计算机应用技术 | 计算机类 | 专科 |
| 17 | 电子信息工程技术 | 电子信息类 | 专科 |
| 18 | 应用电子技术 | 电子信息类 | 专科 |
| 19 | 化学教育 | 教育类 | 专科 |
| 20 | 生物教育 | 教育类 | 专科 |
| 21 | 农产品加工与质量检测 | 农业类 | 专科 |
| 22 | 药品生产技术 | 药品与医疗器械类 | 专科 |
| 23 | 药品生物技术 | 生物技术类 | 专科 |
| 24 | 药品质量与安全 | 药品与医疗器械类 | 专科 |
| 25 | 语文教育 | 教育类 | 专科 |
| 26 | 建筑工程技术 | 土建施工类 | 专科 |
| 27 | 数学教育 | 教育类 | 专科 |
| 28 | 音乐教育 | 教育类 | 专科 |
| 29 | 物流管理 | 物流类 | 专科 |
| 30 | 商务英语 | 语言类 | 专科 |
| 31 | 文秘 | 文秘类 | 专科 |
| 32 | 市场营销 | 工商管理类 | 专科 |
| 33 | 电子商务 | 电子商务类 | 专科 |
| 34 | 机电一体化技术 | 自动化类 | 专科 |
| 35 | 艺术设计 | 艺术设计类 | 专科 |
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