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皖南医学院地处素有“长江巨埠、皖之中坚”之称的历史名城——芜湖市，濒临浩瀚长江，汇集江南神秀。学校建于1958年，时为芜湖医学专科学校；1971年并入安徽医学院，为安徽医学院皖南分院；1974年经国务院批准独立建校，命名为皖南医学院；1981年学校获得国务院学位委员会学士学位和硕士学位授予权；1998年一次性通过教育部本科教学工作合格评价；2008年顺利通过教育部本科教学工作水平评估并获优秀等级；2018年顺利通过教育部本科教学工作审核评估。
学校现有银湖校区、滨江校区、赭麓校区三个校区，占地700余亩，各类建筑40余万平方米。其中，新校区濒临长江，绿水环绕，设施齐全，环境优美，徽派建筑风格与现代气息相得益彰，也是我校办学的主校区。学校设有临床医学院、麻醉学院、医学影像学院、法医学院、口腔医学院、护理学院、药学院、人文与管理学院、公共卫生学院、检验学院、医学信息学院、公共基础学院（创新创业学院）、基础医学院、马克思主义学院、研究生学院、继续教育学院等16 个二级学院。
学校初步形成以医学为主、多学科协调发展、布局合理、特色鲜明的多层次办学格局。学校为安徽省博士学位授权立项建设单位，临床医学学科进入ESI全球排名前1%。现有本科专业28个、专科专业2个，涵盖医、理、工、管、经、法6 个学科门类，其中国家级特色专业1 个、省级特色专业9 个、省级一流专业6个、国家级专业综合改革试点专业1 个、省级专业综合改革试点专业11 个。有临床医学、基础医学、生物学、药学、公共卫生与预防医学等5个硕士一级学科授权点，中西医结合基础、应用心理学2个二级学科点，临床医学、口腔医学、药学、护理和应用心理5个硕士专业学位类别。有省重点学科2个、国家中医药管理局重点学科1个、省优先发展临床重点专科1个、省级临床重点专科6个、省级临床重点培育专科3个、省级重点专病1个。现有各类在校生2.6万余人，其中本科生15790人，专科生352人，研究生973人，成教学生9000余人。
学校现有教职医护员工4840余人（含直属附院），其中专任教师1393人，高级职称 798人，建成一支结构合理、素质优良的师资队伍，近年来，有7 名教师分别荣膺全国、全省优秀教师荣誉称号，11名教师荣膺省级教学名师荣誉称号，13人享受国务院特殊津贴，2人享受省政府特殊津贴，省学术和技术带头4人、后备人选11人。在长期办学历程中，学校拥有一批诲人不倦的知名教授，有创建了我国首个神经病专科病房、撰写首部神经精神专著的刘贻德教授；有我国定量药理学创始人之一的孙瑞元教授；有潜心本草研究六十载，辑复了经典名著《新修唐本草》的尚志钧教授；有国医大师、全国七名内经专业导师之一的李济仁教授；有德技双馨、我校捐献遗体第一人的汪桐教授，更有一大批爱岗敬业的优秀教师、劳动模范、学科带头人和骨干教师。正是一代代皖医人的薪火相传、无私奉献，奠定了学校事业的基础，成为学校最宝贵的办学资源。
学校注重教学科研团队和平台建设，现有国家级虚拟仿真实验教学项目1 个、省级虚拟仿真实验教学项目13个、省级人才培养模式创新实验区1 个、省级教学团队14个、省级卓越人才教育培养计划7 项、省级“六卓越、一拔尖”卓越人才培养创新项目4个、省级精品类课程41 门、省级智慧课堂（含试点项目）12门、省级示范实验实训中心6个；有国家疑难病提升工程1个、国家药物临床试验机构1个、安徽省多糖药物工程技术研究中心1个、活性生物大分子研究安徽省重点实验室1个、省级人文社科重点研究基地1个、重大疾病非编码RNA转化研究安徽省普通高校重点实验室1个、国家中医药管理局中药药理三级实验室1个，公开出版《皖南医学院学报》、《中国临床药理学与治疗学》2种学术期刊。图书馆馆藏图书111.96万册、电子图书93.07万册、中外文报刊1073种。
学校高度重视对外交流与合作，坚持开放办学战略，先后与美国、英国、加拿大、马来西亚、香港、台湾等国家和地区的10余所院校建立了校际联系与合作，与8所高校签订了合作协议，近年来，组织选派200余名教职医护员工赴国（境）外参加学术交流、进修、访学、培训等；与美国宾夕法尼亚大学、陆军东部战区总医院、安徽省立医院、先声药业集团等单位和科研院所开展实践教学、科研攻关等方面的合作。
学校现有直属附院2所、非直属附院6所、教学医院10所。第一附属医院（弋矶山医院）建于1888 年，由美国基督教会创办，为安徽省第一所西医医院和全国首批三级甲等医院，是皖南及皖江地区医疗、预防、康复、急救的中心。该院于1926 年创办“芜湖医院护士学校”，1936 年更名为“芜湖医院怀让高级护士职业学校”，曾在国内享有很高的声誉，时有“北协和、南怀让”之称。第二附属医院建于1949年，原为宣城地区人民医院，2012年经省政府批准整体划归我校，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复多功能于一体的公立三级甲等综合医院，具有一批有较高声誉的重点专科、特色专科。
学校始终坚持人才培养中心地位，深化实践教育、社会责任教育和创新创业教育“三位一体”人才培养模式改革，促进人才培养质量不断提高。毕业生深受用人单位和社会各界好评，就业率始终保持在97％左右，位居全省高校前列，多次荣获省就业工作先进单位称号。建校以来，已为国家输送了六万多名医疗卫生人才，为我省乃至全国的医疗卫生事业发展作出了积极贡献。
自办学以来，学校秉承“精医、尚德、求实、自强”的校训，发扬“艰苦创业、求实自强、奉献社会”的皖医精神，形成了优良的办学传统。站在新的历史起点，学校将以，聚焦“国内有影响、特色鲜明的区域性高水平医科大学”发展目标定位，深入贯彻创新、特色、应用、开放、协同发展导向，推进质量立校、人才强校、学科引校、特色兴校、依法治校战略，全面提升办学实力和人才培养质量，为建设“五大发展”美好安徽、服务人民大众健康、全面小康做出新的更大贡献。
