学院具有独立法人地位，实行董事会领导下的院长负责制，设有独立财务；学院设有党委，下设6个党总支，41个党支部；机构设置实行三级设置两级管理，即设学院、学科部、系三级，学院、学科部两级管理，系无行政职能。学院设有5大学科部、14个党政机构及5个业务单位（具体详见附件一）。
学院建院十余年，已为社会输送八届共计15057名毕业生，一次性就业率均达84%以上。2005年至2010年，学院就业率连续六年位居全省独立学院首位，人才培养质量获得社会好评。学院在全国大学生数学建模竞赛、CCTV杯全国大学生英语竞赛、全国电子设计大赛等各类比赛中获得各种奖励850个，其中：国家级奖356个，省级奖494个，并先后荣获“改革开放30年中国十大品牌独立学院”、“全国十佳独立学院”和“江西省规范管理年先进单位”、“江西省创新发展年先进集体”、“全省大学生思想政治教育工作先进集体”、“江西省2007～2009年就业工作先进单位”、“全省教育系统人事人才工作先进集体”等多项荣誉。学院的办学事迹多次被《瞭望》、《中国教育报》、江西教育电视台等多家媒体宣传报道。学院良好的社会形象和品牌效应已经形成。
南昌大学科技学院机构设置情况表
| 类别 | 名称 | 备注 |
| 一、党政机关 | 1.党委办公室 | 与院长办公室合署 |
| 2.党务工作部 | 与工会合署 | |
| 3.团委 | 与学工处合署 | |
| 4.工会 | 与党务工作部合署 | |
| 5.院长办公室 | ||
| 6.人事处 | ||
| 7.计划财务处 | ||
| 8.教务处 | ||
| 9.科学技术处 | ||
| 10.学生工作处 | 与团委合署，含学生资助中心 | |
| 11.国际交流处 | ||
| 12.公共安全管理处 | ||
| 13.后勤保障处 | ||
| 14.资产管理处 | ||
| 二、业务单位 | 1.招生就业办公室 | |
| 2.物资采购办公室 | ||
| 3.网络信息中心 | ||
| 4.培训中心 | ||
| 5.图书馆 | ||
| 三、教学单位 | 1.人文学科部 | |
| 2.财经学科部 | ||
| 3.理工学科部 | ||
| 4.信息学科部 | ||
| 5.基础学科部 | ||
| 6.思想政治理论课教学部 | 与基础学科部合署 |
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