湘杏学院为独立学院，系湖南中医药大学属下的二级法人机构，实行董事会领导下的院长负责制。董事长由湖南中医药大学校长担任，董事会工作遵循董事会章程。湘杏学院院长为法定代表人，按章程主持全院工作，并向董事会负责。
根据国家教育部[2003]8号文件规定，湘杏学院具有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算。湘杏学院坚持的教育方针，全面贯彻党的教育路线，为培养合格的中西医药人才为办学宗旨。并积极引进社会资金，增加教育投入。扩大现有办学规模，不断提高教育质量。积极探索规律下新的办学体制和运行机制。着力办出湘杏学院的特色，努力打造省内一流的公办民助独立学院。湘杏学院湘杏学院位于省会长沙市韶山中路113号湖南中医药大学东塘校区，环境优美，教学设备齐全，师资力量雄厚。教学、科研、学生管理严谨规范，学习、生活环境优美。
湘杏学院现开设中医学、中西医结合临床学、针灸推拿学、医学影像学、护理学、应用心理学、市场营销、药学、中药学、药物制剂、制药工程、生物工程等12个本科专业，面向省内外招生，现有在校学生2660人。
湘杏学院设立如下行政机构：办公室、行政科、学生科、教务科、水电管理科、饮食服务中心、医疗服务中心、财务科、保卫科。
湘杏学院教学机构设5部2馆：公共课部(含社会科学部);基础医学部;临床医学部;药学部;针灸推拿学部;图书馆;体育馆。
湖南中医药大学湘杏学院是依托湖南中医大学师资、条件等办学，共享学校资源。湖南中医大学有1个国家重点学科：中医诊断学;3个国家中医药管理局重点学科：中医诊断学、中医外科皮肤科学、中医眼科学;7个湖南省重点学科：中医内科学、中医外科学、中医五官科学、针灸推拿学、中医基础理论、中西医结合临床、中药学。设有中医学博士后科研流动站;博士点13个，硕士点16个。中医诊断学学科以郭振球、朱文锋教授等著名中医学家为首，开展了中医微观辨证、中医病证规范化等方面的研究，在本学科研究领域居国内领先水平。
