职能交叉，造成执法主体和监测力量分散，环保领域多头执法问题突出。“横向职能分散，缺乏有效协调；纵向监管乏力，执行约束不足。”国务院发展研究中心资源与环境政策研究所副所长常纪文曾于6月对第一财经记者表示。
上海交通大学环境资源法研究所所长王曦此前也曾表示，在法律上，不同的法律法规存在“打架”现象。
他举例说，2002年修订的《中华人民共和国水法》第12条规定：“国务院水行政主管部门负责全国水资源的统一管理和监督工作”。
而在我国环境行政管理机构中，事实上已经形成了三个“统管”部门：一是《环保法》第7条授权的环保部门，对环境保护工作实施统一监督管理；二是1998年成立的国土资源部，主管全国土地、矿产资源、海域等自然资源的统一监督管理工作；三是水行政主管部门，负责全国水资源的统一管理和监督工作。
“这种多头统管的体制导致了大家都是统管部门，谁也不服谁。”王曦说。
“我们希望环保部是一个超部门的决策机构，同时也能够不断强化自身的监管能力、执法能力。但是所有这些都依赖于整个社会的法制环境建设。”北京大学环境科学与工程学院教授张世秋说。
十九大报告明确，加强对生态文明建设的总体设计和组织领导，设立国有自然资源资产管理和自然生态监管机构，完善生态环境管理制度，统一行使全民所有自然资源资产所有者职责，统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责，统一行使监管城乡各类污染排放和行政执法职责。
在2017年12月出版的《中国机构改革与管理》上，中央编办二司司长黄路介绍，近年来，我国在加强区域环境治理上已经进行了一些尝试，他概括为“统筹、整合、责任、共治”四个关键词。
“国务院赋予了环境保护部统筹协调的职责，但由于缺乏足够的权威和必要的手段，统筹不够，协调不到位。”黄路说，对此必须通过要素综合、职能综合和手段综合，有机整合分散的生态保职能，切实做到区域内污染防治的全防全控，才能实现生态环境的整体保护与系统修复。按照“山、水、林、田、湖”统一管护的思路，中科院可持续发展战略研究组提出的一套方案是：梳理分散在各部门的自然资源资产产权管理职能，集中并组建自然资源资产管理委员会；把分散在国土、农业、水利、环保、林业等部门的自然资源保护和生态保护等职能集中起来，组建自然资源与生态保护部，统筹自然资源和
