九条 企业依照《科技型中小企业技术创新基金项目管理暂行办法》申请创新基金。管理中心具体负责项目的受理、评审和监管。
十条 企业在申报项目时须经省级科技主管部门推荐。出具推荐意见前，须征求同级财政部门对项目的意见，并将推荐项目名单抄送省级财政部门备案。
十一条 通过受理审查的项目，管理中心组织专家和评估机构进行评审、评估。根据评审、评估意见，管理中心本着“择优支持”的原则，提出创新基金支持的项目和金额建议，报科学技术部、财政部审批。经科学技术部、财政部审批的项目正式立项。
十二条 创新基金项目实行合同管理，正式立项的项目由管理中心与项目承担企业、推荐单位签订合同。
十三条 创新基金项目资金在合同签订后分两次拨付。
采用无偿资助方式支持的项目立项后拨付%，项目验收合格后再拨付其余资金（二次拨款）；采用贷款贴息方式支持的项目立项后按企业有效借款合同及付息单据核定的应贴息数额拨付%，项目验收合格后再拨付其余资金（二次拨款）。
十四条 管理中心依据合同金额每分批编制立项项目用款计划，报财政部审批。
十五条 管理中心每根据项目验收情况分批编制二次拨款计划，报财政部审核。
十六条 财政部对管理中心报送的立项项目用款计划和二次拨款计划审核后，将创新基金项目资金指标下达到项目所在地省级财政部门，并按照财政国库管理制度的有关规定办理资金支付。
四章 监督管理与检查
十七条 省级科技主管部门负责当地创新基金项目的日常监督管理和验收工作；省级财政部门负责对当地创新基金的运作和使用进行监督、检查，参与项目的验收工作；管理中心负责制订项目监督管理和验收的工作规范，组织实施项目监督管理和验收工作，分析总结项目执行情况。
十八条 项目承担企业应按要求定期填报监理信息调查表（半报、报）。省级科技主管部门可委托地市级科技主管部门或国家级高新技术产业开发区管委会对项目执行情况进行检查和监理。管理中心根据企业监理信息调查表、省级科技主管部门的监理意见、省级财政部门的检查意见、实地检查情况等，提出项目执行情况分析报告，报送科学技术部、财政部。
十九条 省级财政部门、科技主管部门应加强对创新基金项目的跟踪问效。科技主管部门应将本地区项目监理信息汇总情况抄送省级财政部门。省级财政部门要定期抽查项目执行情况，对于所辖地区创新基金使用管理情况提出度执行情况报告，下一度月底前报送财政部，同时抄送管理中心。
二十条 项目承担企业应严格执行国家有关财经法规、财务规章制度，认真履行合同，科学、合理、有效地安排和使用创新基金拨
款，保证专款专用，严禁截留、挪用。
二十一条 项目承担企业须对项目资金进行单独核算，并接受有关部门的监督管理和检查。无偿资助项目承担企业，在收到创新基金拨款后作为专项应付款处理，其中：形成资产部分转入资本公积，消耗部分予以核销；贷款贴息项目承担企业，在收到创新基金拨款后作为冲减当期财务费用处理。，
