事业单位内部控制制度是指事业单位为贯彻执行各项管理政策，为保证经营业务活动的有效进行，确保资产的安全完整和有效运用，增进会计数据的真实性，防止舞弊行为发生，提高服务经济效益，促进事业单位良好的运转。而一套设计科学、执行有效的内部控制体系对提升事业单位的管理水平具有重要意义。
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我国的事业单位是指为了社会公益目的，由国家机关举办或者其他组织利用国有资产举办的,从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织，基本上属于财政预算报账单位，事业单位的资产是国家的,资金出自公共财政。因此，事业单位如果没有内部控制制度或执行不好，就会给国家和单位造成极大的损失和危害。
一、事业单位内部控制存在的问题
事业单位内部控制制度是指事业单位为贯彻执行各项管理政策，为保证经营业务活动的有效进行，确保资产的安全完整和有效运用，增进会计数据的真实性，防止舞弊行为发生，提高服务经济效益，促进事业单位良好的运转，从实际情况看，一些事业单位的内部控制还存在很多问题。
1、负责人内控意识相对薄弱
很长时间时间以来，很多事业单位的领导对于内部控制重要性认识不足，重视不够，没有把内部控制当作一项加强管理、防范风险的重要措施来抓，导致事业单位普遍存在内部控制制度不够健全，业务不够规范等问题。有的单位虽然形式上建立了内部控制制度，但是束之高阁实质上并没有认真执行，期间里的目的仅仅是为了应付检查，走过场。
2、控制体系不完善，岗位设置不合理
事业单位普遍重视的是各项资金的管理控制，而忽略了固定资产和灵动资产的有效控制。与此同时，有的事业单位还存在内部控制体制不够完善，业务流程不尽合理，信息沟通不够，经费运行透明度差等问题。有的单位没有单独设立内部控制部门，而是将内部控制看成只是财务的工作，导致财务部门与业务、纪检部门横向联系不够，同级部门间缺乏必要的交流，协调性差，难以形成人人参与内部控制活动的氛围。
有些事业单位的会计核算流程长期以来存在着不规范不合理的状况，并且一直未能得到有效解决。有些经济事项没有明确的审批控制业务流程 ，或流程控制过于简单，不够规范，如事业单位不经批准自行处置固定资产，处置收入不纳入财政专户等。有些事业单位在岗位设置上由于编制有限、人手紧张等原因，存在不合理不合法的兼岗现象，不相容职务未能合法合理分离，如单位出纳兼任记账、出纳兼任档案保管、记账兼任复核等。
3、会计基础工作相对薄弱，财务管理制度不健全
事业单位财务会计基础工作较薄弱，一些财务事项的运作与管理措施仅是惯例，而没有相应的成文制度保证或者虽有制度但不完整，管理的随意性较大，如有的会计人员在工作中部按照准则要求进行会计核算，自行设置和随意使用、混用会计科目，造成会计核算不准、会计信息失真。对单位重要事项的决策、实施过程和结果均不了解，未能对业务部门实施必要的财务管理和内部监督。
4、内部控制制度的监督环节薄弱
我国目前事业单位内部审计还比较薄弱，很多事业单位甚至没有设立内部审计机构，即使设立内部审计机构，其领导和成员均是单位领导任命，其上下级隶属关系，经济利益均受到单位领导制约，这样势必造成外部监督体制弱化，使内部控制作用难以有效发挥。大多数内部控制制度执行情况的监督任务由财务部门承担，而财务部门本身就是内部控制制度的主要执行部门，这就形成了自己监督自己的局面。
