行政事业单位内部控制工作存在诸多问题，这些问题的存在, 既制约了行政事业单位的工作效率和效果, 同时也影响了财政“节流”任务的完成和部门预算制度的实施。
缺乏高水准内控管理人员
从整体来看，事业单位内控人员的素质偏低，尤其在一些基层单位，内控知识缺乏，或缺少相应的内控经验，内控人员难以胜任工作，不能有效的实现内部控制所预测的效果，导致内控执行时缺乏必要的力度，使内控失效。
通过对企业的财务进行控制和评价，可以为企业的经营者提供必要的参考，对企业的财务状况有一个清晰明确的认识，进而根据企业的实际状况，选择正确的经营方向。财务内部控制体系可以对企业的财务进行分类和归纳总结，使财务的收集情况更加明了，从而提高财务管理的透明度，有效避免坏账、烂帐和糊涂账的发生，为企业的财产安全提供保障。
第二，内部控制本身控制模式来讲，未上市公司或准备上市的公司来讲，很容易想到我的报告体系合乎不合乎我们国家的要求，合不合乎萨班斯的要求，就是合规和报告为目标。也就是说我们当前的内部控制是以企业财务报告为载体的内部控制模式，以财务报告为载体的内部控制模式，不仅影响着我们的实务，还影响着我们的理论性研究和学术性研究，这是一个非常现实的问题。
企业的经营和发展离不开国家宏观调控的支持，而企业自身的财务状况则决定了企业对于国家相关调控的接受速度和执行能力。只有具备较为完善的财务控制评价体系，保证企业自身发展的合理有序进行，才能以最快的速度对国家的宏观调控作出反应，保障国家相关政策的顺利实行。
事业单位应把业务过程和财务管控有机地结合起来，让财务控制渗透到业务活动的每个环节，只有这样，才可能避免业务过程中的舞弊。
内部控制是指在一个单位内部，为了保证业务活动的有效进行，保护资产的安全和完整，防止、发现、纠正错误与舞弊，保证会计资料的真实、完整而制定和实施的政策与程序。加强企业的内部控制有利于防止企业资产的的流失，实现资本的保值增值，保证会计信息的真实性和准确性，增强决策的科学性，有效地防范公司经营风险，强化公司管理，减少决策失误，降低道德风险，提高经济效益。它已经成为衡量现代企业管理水平的重要标志之一，完善企业内部控制制度，保证会计信息的质量，对于完善公司治理结构和信息披露制度，保护投资者的合法权益并保证资本市场的有效运行有着非常重要的意义。因此，如何加强和完善企业的内部控制，已经成为各方面关注的热点问题。
