民办和独立学院这两类院校其实都是民办性质，有些独立学院虽然是公办机构投资，但却是按照民营机制运作的，所以也只能算民办学校。两类学费标准差不多，录取分数也互有长短，开设的专业也都是比较热门的专业。
一、从学校牌子来看
由于有母体学校的品牌效应，独立学院的牌子似乎更好用。一个湖南师范大学树达学院的毕业生，对外完全可以宣称自己是湖南师大的学生，至于他是不是毕业于湖南师大下属的独立学院，人家并不是很关心，充其量关心一下他读的是什么专业。正因为有了母体学校的光环，独立学院的牌子比一般民办本科院校的牌子更好用。
二、独立学院的校友资源更为丰富
我国从2001年开始才拥有第一批独立学院，而民办本科院校从20世纪80年代甚至70年代末期就开始登上高等教育的舞台。表面上来看，民办本科院校积累的校友资源更多;实际上，独立学院可以和母体学校共用校友资源，独立学院毕业的学子在社会上更有可能得到师兄师姐的帮助和引路。就拿湖南师范大学树达学院和湖南涉外经济学院来说，湖南师范大学建校于1938年，多年来积累了无数的校友资源，树达学院2001年才创办，积累的校友资源还不是很丰富，但两者共用的话校友资源却无比丰富。湖南涉外经济学院1997年才开始招生，其人力资源积累相对就差很多，该校的学子在社会上受到学长提携、指导的可能性相对比较少。
三、受用人单位认可
很多从事就业工作的老师告诉我，独立学院更受用人单位认可。这方面我做过调查，很多内行人士都是这么说的。
四、独立学院师资力量更强
不少母体学校为了增加教师的待遇，把很多教师派往独立学院上课，无形之中独立学院的学子享受和母体学校基本相同的师资。再来看一个例子，我很关注港口航道与海岸工程专业，发现这个本科专业几乎没有民办高校开设，但在独立学院中，开设这个专业的却还有一些，比如长沙理工大学城南学院。这说明一点，开设港口航道与海岸工程专业需要的师资比较特殊，不是一般的民办本科院校所能开设的。
五、独立学院硬件条件更为先进
独立学院为了吸引考生，开设的专业一般都是母体学校办得相对成熟、师资力量雄厚、社会急需的热门专业，因而母体学校的优势专业一般也是独立学院的优势专业。其中有一个问题是，不少专业由于对实验条件、器材要求非常高，一般的民办本科院校根本就开办不起，但是独立学院却可以和母体学校共用资源。比如，化学工程与工艺、高分子材料与工程、材料科学与工程、测控技术与仪器、生物技术以及一些医学类专业。
在有的省份，民办本科院校和独立学院没有统一安排在一个批次录取。就拿湖南省来说，民办本科院校安排在本科二批录取，独立学院安排在本科三批录取，不少同学则认为，本科二批的院校比本科三批高一个层次，两者之间他们更倾向于选择民办本科院校。对于这一点，我也无可厚非，因为每个人都可以做出自己的判断，而且我身边也不乏按照录取批次来做选择的考生。还有一种观点认为，独立学院与母体高校专业同质化现象也很严重，母体学校毕业生恰恰成为独立学院毕业生就业最近、最大的竞争对手，从这个观点出发，部分考生宁愿选择民办本科院校而不是独立学院。
