平行志愿投档原则是：成绩优先，遵循志愿
在某个招生批次投档前，先将全省同类考生(文、理、体、艺)按高考成绩总分由高分到低分排序。然后从第一名考生开始，依次把考生向其所填的院校志愿中投放，轮到某考生投档时，投档操作运行过程如下：
先检索该生所填报的第一志愿院校计划数是否招满，如没有招满则将该考生的档案投向第一志愿院校。若第一志愿院校已经招满，则检索其第二志愿院校是否已经招满，若未招满则将该考生的档案投向第二志愿院校。若第二志愿院校已经招满，则检索其第三志愿院校是否已经招满，按照与处理第二志愿完全相同的方式处理第三志愿……当检索处理完该考生的所有志愿后，若该生的档案仍未投出，该生本批次投档结束，该生未能被本批次录取。
由此可见，平行志愿是按考生所填的顺序依次检索考生所填的各个学校的，填在前面的学校先检索，后面的后检索，如果被前面某个志愿学校录取了，那此次录取就结束了，后面的志愿就不起作用了。
平行志愿录取规则
1、各省招办会按照理工类、文史类考生按照分数从高到低排序，每一个考生每一批次（一本、二本、三本）可以填报3-5个志愿（A、B、C、D志愿有顺序之分但是都属于第一志愿）。
2、按照从每一批次第一名到最后一名考生的顺序进行志愿检索，以第一批次理工类排名第500名的考生为例，首先系统看他的A志愿（如华中科技大学，假如华中科技大学今年录取100人），如果前面的499名同学没有超过120人的档案已经分到华中科技大学的话，该同学的档案就投到华中科技大学。（存在有些不服从调剂退档的同学，为了保证可以录取到100人，在投档的时候会多投一定比例档案，一般是按照1：1.2比例，也有省市按照1：1.05比例等）
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3、但是如果前面已经超过有120人的档案已经分到华中科技大学，满额了，那么系统按照刚才的顺序再来看该考生的B志愿（如武汉大学），如果武汉大学有名额，该考生档案就投到武汉大学，依次类推，如果A、B、C、D志愿都无法投出，那就等征集志愿。
4、如果投档到了某一志愿（B志愿）的学校，但是因为某专业不服从调剂或者身体等原因无法被B志愿学校录取，也会被退档进行征集志愿。
