独立学院和公办二本院校相比，公办二本院校学费较低。若没有经济压力，往往独立学院更好。
公办“本二”，资金来源为国家财政投资；独立学院是普通本科高校同社会力量合作的结果，分为常见的公有民办私企出资、高校与政府合作办学、大学独立办学三种形式；
我们感受最直接的——学费不同。一般公办“本二”学费费用都比较低，在几千元不等；而独立学院和民办本科院校学费都要在一两万左右。
很多独立学院的办学综合实力是优于一些公办“老二本”的，录取分数线也很高，如果家庭经济条件允许，选择一个独立学院也是非常不错的。
就教学质量而言，大部分独立学院有母体学校的老师和外聘的老师，比差点的公办老二本会好些，老二本院校一般只有自己本校的老师，外聘老师成本比较高，独立学院有一定的资金实力。
就业方面，现在大学生就业形势不好，除了985大学等一流名校以及在某个特定行业具有突出声誉的大学就业比较不错，其他一些院校学生一般是根据所学专业的差别而有所不同。但独立学院，其大多依托高校开办，办学实力比较强，专业设置也比较贴近经济社会发展，就业前景相对于民办不错。
民办院校与公办院校相比，确实有许多方面不如公办院校。但是还不能说民办独立学院低人一等，这种说法歧视的含义太明显了。整体来看，民办独立学院与公办大学在办学方面存在一些差距。
民办院校或民办独立学院是有可能倒闭的，现实中已经有原复旦大学太平洋金融学院倒闭的先例，还有北京航空航天大学北海学院停止招生6年至今恢复招生的事情，以及北京师范大学珠海学院主动关闭改头换面为北京师范大学珠海分校的事。
前面的两所学校都是著名985院校参与办学的独立学院，也出现了这么严重的问题，所以报考民办院校和民办独立学院还是有风险的，学生没毕业学校就关闭的事都能发生，你的感觉怎么样？即使毕业了，你的母校说不定哪一天就没有了，不是合并到其他学校，而是倒闭了，民办独立学院这三个劣势考生提前要了解。
独立学院的办学资金保障不如公办学校。公办大学主要靠国家财经拨款，财政不倒学校就不会太缺钱。民办大学主要靠自筹，自筹的渠道有收费、学校经营收入、投资人投资、社会捐助等。收费必须要有足够的生源，所以民办院校在招生方面通常都是不遗余力，生源不足可能就无法维持下去；学校的经营收入也与生源有关，与学校的名气实力有关。
投资人投资，要看投资人的实力，投资人办学的理念和目的，如果是以赢利为目的，投资人不会一直投资不赢利；社会捐助，在我国并不成熟，很多人的捐助对象，只是偏远地区希望小学什么的，捐助民办大学的真不多。
