新疆本科院校共有18所，名单分别为新疆大学、塔里木大学、新疆农业大学、石河子大学、新疆医科大学、新疆师范大学、伊犁师范学院、喀什大学、新疆财经大学等，具体完整本科大学名单见下表。
新疆本科院校名单一览表
| 序号 | 学校名称 | 主管部门 | 所在地 | 办学层次 | 备注 |
| 1 | 新疆大学 | 新疆维吾尔自治区 | 乌鲁木齐市 | 本科 | |
| 2 | 塔里木大学 | 新疆生产建设兵团 | 阿拉尔市 | 本科 | |
| 3 | 新疆农业大学 | 新疆维吾尔自治区 | 乌鲁木齐市 | 本科 | |
| 4 | 石河子大学 | 新疆生产建设兵团 | 石河子市 | 本科 | |
| 5 | 新疆医科大学 | 新疆维吾尔自治区 | 乌鲁木齐市 | 本科 | |
| 6 | 新疆师范大学 | 新疆维吾尔自治区 | 乌鲁木齐市 | 本科 | |
| 7 | 喀什大学 | 新疆维吾尔自治区 | 喀什地区 | 本科 | |
| 8 | 伊犁师范学院 | 新疆维吾尔自治区 | 伊犁哈萨克自治州 | 本科 | |
| 9 | 新疆财经大学 | 新疆维吾尔自治区 | 乌鲁木齐市 | 本科 | |
| 10 | 新疆艺术学院 | 新疆维吾尔自治区 | 乌鲁木齐市 | 本科 | |
| 11 | 新疆工程学院 | 新疆维吾尔自治区 | 乌鲁木齐市 | 本科 | |
| 12 | 昌吉学院 | 新疆维吾尔自治区 | 昌吉回族自治州 | 本科 | |
| 13 | 新疆警察学院 | 新疆维吾尔自治区 | 乌鲁木齐市 | 本科 | |
| 14 | 新疆大学科学技术学院 | 新疆自治区教育厅 | 乌鲁木齐市 | 本科 | 民办 |
| 15 | 新疆农业大学科学技术学院 | 新疆自治区教育厅 | 乌鲁木齐市 | 本科 | 民办 |
| 16 | 新疆医科大学厚博学院 | 新疆自治区教育厅 | 乌鲁木齐市 | 本科 | 民办 |
| 17 | 新疆财经大学商务学院 | 新疆自治区教育厅 | 乌鲁木齐市 | 本科 | 民办 |
| 18 | 石河子大学科技学院 | 新疆自治区教育厅 | 石河子市 | 本科 | 民办 |
