南京农业大学开设的专业有日语、电子信息科学与技术、物流工程、农业电气化、生物科学、动物医学、农林经济管理、设施农业科学与工程、统计学等，具体完整专业请看下表。
南京农业大学专业一览表
| 专业名称 | 学制 | 学费 |
| 日语 | 4 | 5200 |
| 英语 | 4 | 5200 |
| 工程管理 | 4 | 5200 |
| 电子信息科学与技术 | 4 | 5800 |
| 物流工程 | 4 | 5200 |
| 工业工程 | 4 | 5200 |
| 自动化 | 4 | 6380 |
| 农业电气化 | 4 | 6380 |
| 交通运输 | 4 | 5800 |
| 机械类 | 4 | 5800 |
| 投资学 | 4 | 5200 |
| 会计学 | 4 | 5200 |
| 金融学 | 4 | 5200 |
| 草业科学 | 4 | 2750 |
| 生物技术（生命科学与技术基地班） | 4 | 5500 |
| 生物科学（生物学基地班） | 4 | 5500 |
| 生物技术 | 4 | 5500 |
| 生物科学 | 4 | 5500 |
| 统计学 | 4 | 5500 |
| 应用化学 | 4 | 5500 |
| 信息与计算科学 | 4 | 5500 |
| 社会学类 | 4 | 5200 |
| 劳动与社会保障 | 4 | 5200 |
| 人力资源管理 | 4 | 5200 |
| 行政管理 | 4 | 5200 |
| 人文地理与城乡规划 | 4 | 5500 |
| 土地资源管理 | 4 | 5200 |
| 网络工程 | 4 | 5800 |
| 计算机科学与技术 | 4 | 5800 |
| 信息管理与信息系统 | 4 | 5200 |
| 食品科学与工程类 | 4 | 5800 |
| 动物药学 | 5 | 2750 |
| 动物医学 | 5 | 2750 |
| 工商管理类 | 4 | 5200 |
| 农林经济管理 | 4 | 5720 |
| 国际经济与贸易 | 4 | 5200 |
| 水产养殖学 | 4 | 2500 |
| 动物科学 | 4 | 2750 |
| 茶学 | 4 | 2500 |
| 风景园林 | 4 | 6380 |
| 中药学 | 4 | 6800 |
| 设施农业科学与工程 | 4 | 2500 |
| 园林 | 4 | 2500 |
| 园艺 | 4 | 2750 |
| 环境科学与工程类 | 4 | 2750 |
| 植物保护 | 4 | 2750 |
| 种子科学与工程 | 4 | 2750 |
| 农学 | 4 | 2750 |
| 日语(高校专项) | 4 | 5200 |
| 草业科学(高校专项) | 4 | 2750 |
| 动物科学(高校专项) | 4 | 2750 |
| 茶学(高校专项) | 4 | 2500 |
| 设施农业科学与工程(高校专项) | 4 | 2500 |
| 种子科学与工程(高校专项) | 4 | 2750 |
南京农业大学特色重点专业名单
1、国家级特色专业：生物科学、农业机械化及其自动化、食品科学与工程、园艺、农业资源与环境、土地资源管理、动物科学、植物保护、农学、动物医学、农林经济管理。
2、一级学科国家重点学科：作物学、植物保护、农业资源利用、兽医学。
3、二级学科国家重点学科：蔬菜学、农业经济管理、土地资源管理。
4、国家重点（培育）学科：食品科学。
5、十二五期间一级学科省重点学科：科学技术史、畜牧学、公共管理、生态学、草学。
6、二级学科省重点学科：植物学、微生物学、科学技术史、食品科学、果树学、植物营养学、动物营养与饲料科学、基础兽医学、临床兽医学、土地资源与管理、生物信息学、农村发展、植物检疫与生物安全、农业信息学。
