依法和依规原则
企业并购引起的直接结果是目标企业法人地位的消失或控制权的改变，因而需要对目标企业的各种要素进行重新安排，以体现并购方的并购意图、经营思想和战略目标。但这一切不能仅从理想愿望出发，因为企业行为要受到法律法规的约束，企业并购整合的操作也要受到法律法规的约束。在整合过程中，在涉及所有权、经营权、抵押权、质权和其他物权、专利、商标、著作权、发明权、发现权和其他科技成果等知识产权，以及购销、租赁、承包、借贷、运输、委托、雇佣、技术和保险等债权的设立、变更和终止时，都要依法行事。这样才能得到法律的保护，也才能避免各种来自地方、部门和他人的法律风险。
实效原则
整合要以收到实际效果为基本准则，即在资产、财务和人员等要素整合的过程中要坚持效益最大化目标，不论采取什么方式和手段，都应该保证能获得资源的优化配置、提高企业竞争能力的实际效果，而这些实际效果可以表现为整合后企业经济效益的提高、企业内部员工的稳定、企业形象的完善和各类要素的充分利用等。这里应避免整合中的华而不实、急功近利的做法。
优势互补性原则
企业是由各种要素组成的经济实体，构成的各种相关要素是一种动态平衡，这种动态平衡是要素在一定时间和一定条件下的存在状态。这里需要注意的是，平衡和最佳组合是针对不同企业而言的，甲企业的优势未必就是乙企业的优势，甲企业的劣势未必就是乙企业的劣势，最佳组合应该是适应环境的优势互补。因此，在整合过程中，一定要从整合的整体优势出发，善于取舍。通过优势互补实现新环境、新条件下的理想组合。
可操作性原则
并购整合所涉及的程序和步骤应当是在现实条件下可操作的，或者操作所需要的条件或设施在一定条件下可以创造或以其他方式获得，不存在不可逾越的法律和事实障碍。整合的方式、内容和结果应该便于股东知晓、理解并能控制。
系统性原则
并购整合本身就是一项系统工程，涉及到企业各种要素的整合，缺少任何一个方面，都可能带来整个并购的失败。系统的整合内容应包括：
1、战略整合。这是并购后企业战略方向的重新定位，关系到企业长远发展的方针和策略;
2、组织与制度整合。这是建立新的组织结构，把企业各项活动重新部门化、制度化，确定各部门明确的责权利关系;
3、财务整合。保证各方在财务上的稳定性、连续性和统一性，使并购后的企业尽快在资本市场上树立良好形象;
4、人力资源整合。企业要重新调整、分配管理人员、技术人员，要进行员工的重组和调整，以使企业能正常有效地运营;
5、文化整合。包括并购双方企业的价值观、企业精神、领导风格和行为方式的相互融合和吸纳，构筑双方能够接受的企业文化，为各种协调活动提高共同的心理前提;
6、品牌整合。无论对目标公司还是并购公司而言，品牌资产都是其发展和经营的重点，品牌整合的构建都是不可或缺的战略措施，决定着整合工作所带来的协同作用能否实现。
