基础医学和临床医学的区别主要有以下几点：
1.专业学习的侧重点不同
基础医学研究医学基础学科，如解剖、生理、生化、微生物等等学术性内容，临床医学是以内外妇儿、五官科、眼科、皮肤科等等临床应用学科的内容，学习的课程涵盖几乎所有的医学课程，就是两个医学专业都需要学习基础+临床课程，只是重点侧向部分课程；同时，临床医学专业还有一年的临床实习期，这是基础医学没有的。
2.专业大方向和要求不同
基础医学主要是偏向理论学习和理论研究，其临床医学则更具实践性。学习基础医学需要学生识记和掌握很多的理论知识，同时要参与很多的理论实验，最终能验证某个医学理论或发展与创新某个医学理论，因而学习基础医学的学生要有学术潜质；而临床医学则要求学生胆大心细，直接面对病人，在学习理论知识的基础上应对各种突发情况、判断和处理各种疑难杂症。
3.专业培养目标不同
基础医学专业培养具备自然科学、生命科学和医学科学基本理论知识和实验技能，能够在高等医学院校和医学科研机构等部门从事基础医学各学科的教学、科学研究及基础与临床相结合的医学实验研究工作的医学高级专门人才。
临床医学专业本培养德、智、体、美全面发展，具有良好职业道德和人文素养，掌握基础医学和 临床医学基础理论、基本知识和基本技能，具备常见病、多发病诊治和预防能力，以及危、急、重症的初步判断和处理能力，从事基层医疗卫生服务工作的高素质实用型医学专门人才。
4.就业方向不同
基础医学的毕业生今后主要从事研究工作，因而可以去各个研究所工作，或是在学校搞教学，或去生物技术公司、医疗技术公司等。另外，基础医学专业可以在大四申请出国读，去美德这些基础医学做得比较好的国家做研究也是不错的选择。
临床医学专注于实际操作，也就是最好当医生，可从事麻醉学、医学影像学、医学检验、放射医学、视光学 、医疗美容技术 、医学检验技术等多个方向的工作。
