学校先后承担了国家“六五”至“十五”科技攻关项目及国家自然科学基金重点和面上项目、863、873、973计划项目、国家杰出青年基金项目、国家新药基金项目、教育部跨世纪人才基金项目等高层次科技项目，同时还承担国际合作项目的研究。2003年执行各级科研项目400项，在国内外学术刊物上公开发表论文1900余篇。学校公开出版有《重庆医科大学学报》、《中华肝脏病杂志》、《临床超声医学杂志》、《儿科药学杂志》和《医学教育探索》等刊物，面向国内外公开发行。自1978年以来，获国家科技进步奖、技术发明奖及部、委、省等各级科技成果奖400余项。获国家发明专利等各类专利26项。我校研制的聚焦超声肿瘤治疗系统（超声聚焦刀）属世界首创，2001年3月在全国科技奖励大会上荣获国家技术发明二等奖，是我国第一台具有完全自主知识产权的大型医疗仪器，临床效果显著，已实施产业化，2002年成功出口欧洲，在国内外引起很大反响。
改革开放以来，学校共选派1000余人次赴美、英、加、日、俄、法、德、澳、荷兰、瑞士等国家及香港地区进修、留学、参加学术交流；邀请了272批800人次的外国专家教授来校讲学访问；聘请了56位来自美、日、法及香港地区的医学专家为我校名誉教授。先后有45名来自美、加、英、澳等国的语言专家为我校外语教师。
随着国家关于西部大开发和“科教兴国”战略的进一步实施，重庆医科大学将站在新的历史起点上，肩负新的历史使命，抓住机遇，迎接挑战，开拓创新，与时俱进，为把我国建设成国内一流医科大学而努力奋斗。
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