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1957年8月，学校经国家批准开设业余大学，开始成人教育工作，当年即举办五年制医疗专科班，1964年9月停办。1984年9月恢复成人教育招生（夜大形式），隶属学校教务处。1990年成立成人教育处。1992年4月，在原夜大学和成人教育处的基础上成立成人教育学院，开始招收脱产、半脱产、函授和夜大等学历形式学生。2005年10月，为适应医学继续教育发展，扩大医学成人高等教育服务外延，进一步拓展新的工作领域，成立继续教育学院，与成人教育学院合并办公。2018年底，学校赋予学院新的职能，形成高等学历继续教育、同等学力人员申请硕士学位、在职医师申请临床医学博士专业学位一体化培养的格局。
2019年7月18日，经校党委常委会研究决定，撤销原继续教育学院党总支，成立继续教育学院直属党支部。学院现下设党政办公室、招生与社会培训管理办公室、教学管理办公室、考试与评价中心、学生与学籍管理办公室、非学历教育管理办公室。在附属阜阳医院设立分校，在安庆医药高等专科学校、黄山职业技术学院、安徽卫生健康职业学院、安徽省淮北卫生学校设立教学点。目前在籍各层次各专业共有学生近两万人，包含在职医师申请临床医学博士专业学位、以研究生同等学力申请硕士学位、成人高等教育专升本三个层次。多年来，学院坚持贯彻党的教育方针，坚持立德树人根本任务，累计为社会培养各层次医疗健康卫生人才近10万人，为促进地区卫生健康事业发展做出了突出贡献，获得社会广泛的赞誉和信赖。
在十九大报告中提出“办好继续教育，加快建设学习型社会，大力提高国民素质”。校第八次党代会提出支持继续发展，稳步扩大继续教育办学规模的目标要求，将继续教育高质量发展纳入学校高质量人才统一培养范畴。面向未来，学院将高举思想伟大旗帜，全面贯彻党的继续教育方针，坚持为党育人、为国育才，坚定不移贯彻“两个坚持”实现“两个更大”目标要求，内强综合改革，大力开展线上教育教学，形成“学院—职能科室—培养单位（教学点）—年级主任—班主任”五级网格化管理体制，着力推进治理能力和治理体系现代化；外强合作办学，充分利用社会资源和力量，着力拓展继续发展空间。贯彻新发展理念，开拓创新，积极作为，打造继续教育高质量发展新局面，为学校奋力开创国内一流高水平医科大学建设新局面不懈努力！
